Exchange Server 2003 有两个版本：Exchange Server 2003 企业版和 Exchange Server 2003 标准版。

Exchange Server 2003 企业版中包括下列增强功能：
Exchange 2003 企业版支持多达四个存储组，每个存储组最多可以容纳五个数据库。
数据库大小只受硬件限制（最大为 16 TB）。
可以通过 Microsoft Cluster Server 群集服务，将 Exchange 2003 企业版组成群集。
包括 X.400 连接器。

以前版本的共存和升级
Exchange 2003 可以与 Exchange 2000 共存，并且当以 Exchange 混合模式运行时，还可以与 Exchange V5.5 服务器共存。对于 Exchange 2000，Exchange 2003 支持就地升级。对于 Exchange V5.5 服务器，Exchange 2003 不支持就地升级。